Volumen-EM mit Serial-Blockface-Rasterelektronenmikroskopie
Volumen-EM-Verfahren

Serial-Blockface-SEM

Hochautomatisierte Schnittbildung und Volumendaten-Bildgebung​

  • Einfache Probenpräparation
  • Hochautomatisierte Bildaufnahme
  • Höhere Z-Auflösung als bei der Array-Tomografie
  • Herausragende Bildauflösung bei geringen Spannungen

Volumen-EM mit Serial-Blockface-SEM (SBF-SEM)

Mit einem Ultramikrotom in der SEM-Kammer lassen sich in Harz eingebettete Proben automatisch abbilden und schneiden, bis die gewünschten – oder alle – Ebenen in Z-Richtung der Probe aufgenommen wurden. Die Z-Schrittweite reicht von 15 bis 30 nm. Die Serial-Blockface-Rasterelektronenmikroskopie (SBF-SEM) ist die Technologie der Wahl, wenn eine einfache Probenpräparation, ein hochautomatisiertes Bildgebungsverfahren und eine höhere Z-Auflösung als bei der Array-Tomografie gefragt sind.

Die ZEISS Focal Charge Compensation (fokale Ladungskompensation) macht das Verfahren robuster, sodass es auch bei aufladungsanfälligen Proben eingesetzt werden kann, was bislang nur auf Kosten der Bildqualität möglich war: Eine winzige Kapillare befindet sich präzise über der Probe. Über diese Kapillare wird Stickstoffgas direkt auf die Probenoberfläche geleitet, während in der Kammer ein Hochvakuum aufrechterhalten wird. Das beseitigt die Aufladung, ohne dass die Bildqualität leidet. Aufgrund der niedrigeren Aufladung mit Focal Charge Compensation werden die Bildqualität verbessert und Drift, Jitter und Bildverzerrungen reduziert. Dadurch entfällt die Notwendigkeit einer umfangreichen Registrierung der resultierenden Datensätze.

Insgesamt können mit der Focal Charge Compensation vielfältigere Proben in drei Richtungen abgebildet werden, und zwar ohne Aufladungen und bei hoher Auflösung.

Schematische Darstellung eines typischen Workflows

Serial-Blockface-SEM-Imaging

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Eine in Harz eingebettete Probe wird mit einem Ultramikrotom geschnitten, das sich in der SEM-Kammer befindet. Die freigelegte Probenoberfläche wird abgebildet. Dieser Schnitt- und Bildgebungsvorgang wird so lange wiederholt, bis die gesamte relevante Struktur abgebildet wurde.

Verarbeitung der Segmentierung

2

Die aufgenommenen EM-Bilder werden verarbeitet und digital zu einem 3D-Datensatz zusammengeführt. Die Zellkompartimente lassen sich identifizieren und segmentieren.

3D‑Visualisierungsanalyse

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Der segmentierte 3D-Datensatz kann visualisiert, untersucht und statistisch analysiert werden.

Anwendungsbeispiele​

Zusammenhang zwischen Struktur und Funktion​

Mäusehirn, abgebildet mit ZEISS Sigma mit integriertem Ultramikrotom, 75 Ebenenaufnahmen mit 7 nm Pixelgröße. Mikrotom mit Einstellung auf Abtrag von 15 nm/Schnitt.
Mäusehirn, abgebildet mit ZEISS Sigma mit integriertem Ultramikrotom, 75 Ebenenaufnahmen mit 7 nm Pixelgröße. Mikrotom mit Einstellung auf Abtrag von 15 nm/Schnitt.

Mäusehirn, abgebildet mit ZEISS Sigma mit integriertem Ultramikrotom, 75 Ebenenaufnahmen mit 7 nm Pixelgröße. Mikrotom mit Einstellung auf Abtrag von 15 nm/Schnitt.

Mäusehirn, abgebildet mit ZEISS Sigma mit integriertem Ultramikrotom, 75 Ebenenaufnahmen mit 7 nm Pixelgröße. Mikrotom mit Einstellung auf Abtrag von 15 nm/Schnitt.

Abbildung ultrastruktureller Details von Neuronen​

Das Gehirn ist ein komplexes Organ mit Millionen von neuronalen Verbindungen und Signalwegen. Mit einem besseren Verständnis des Zusammenhangs zwischen Struktur und Funktion des Hirngewebes lässt sich diese Komplexität genauer bestimmen. So lässt sich leichter nachvollziehen, wie neuronale Netze aufgebaut sind und wie (auf lange Sicht) bestimmte Pathologien mit medizinischen Interventionen behandelt werden können. 

Blockface-Probe, abgebildet mit 2,5 keV, 1 μs Verweildauer auf einem Pixel und Hochvakuum mit einer Focal Charge Compensation Vorrichtung für die fokale Ladungskompensation. Maßstab: 1 µm. Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.
Blockface-Probe, abgebildet mit 2,5 keV, 1 μs Verweildauer auf einem Pixel und Hochvakuum mit einer Focal Charge Compensation Vorrichtung für die fokale Ladungskompensation. Maßstab: 1 µm. Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.

Blockface-Probe, abgebildet mit 2,5 keV, 1 μs Verweildauer auf einem Pixel und Hochvakuum mit einer Focal Charge Compensation Vorrichtung für die fokale Ladungskompensation. Maßstab: 1 µm. Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.

Blockface-Probe, abgebildet mit 2,5 keV, 1 μs Verweildauer auf einem Pixel und Hochvakuum mit einer Focal Charge Compensation Vorrichtung für die fokale Ladungskompensation. Maßstab: 1 µm. Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.

Imaging von Neuronen in einer Zellkultur

Die SBF-SEM ist die adäquate Lösung für die Abbildung und Verfolgung von Neuronen mit langen, dünnen Fortsätzen wie Dendriten und Axonen. Insbesondere Neuronen in Zellkulturen lassen sich nur schwer abbilden. Der hohe Anteil an nichtleitendem Harz macht die Probe anfällig für Aufladungen. Focal Charge Compensation schwächt die Aufladungseffekte ab und sorgt für eine hohe Bildqualität. In Kombination mit Focal Charge Compensation lassen sich ultrastrukturelle Details von Neuronen mühelos abbilden und auflösen.

Die Bilder zeigen einen einzelnen Schnitt aus einem 3D-Datensatz kultivierter Nervenzellen aus dem Hippocampus, die PSD95-APEX2 zur Färbung der postsynaptischen Dichte exprimieren (Pfeile). Die Bilder wurden mit ZEISS FE-SEM mit integriertem Ultramikrotom und Focal Charge Compensation aufgenommen. Die Ultrastruktur wie dünne Dendriten und Verbindungen sind bei hoher Auflösung sichtbar, da Aufladungseffekte beseitigt wurden.

Mit freundlicher Genehmigung von Prof. Mark Ellisman (University of California, San Diego, USA)​

Einzelne Neuronen und Zellkompartimente im Gewebe eines Mäusehirns​

Das Video zeigt Querschnitte aus der Probe eines Mäusehirns, die mit Serial-Blockface-SEM aufgenommen wurden. Die hohe Auflösung dieses Verfahrens ist dabei auf jedem einzelnen Blockface-Bild klar erkennbar. Einzelne Neuronen und Zellkompartimente lassen sich identifizieren und in Z-Richtung verfolgen.

Untersuchung der Axon-Myelinisierung mit Blick auf multiple Sklerose und Parkinson-Krankheit

  • Myelin lamellae
  • Single neurons and cellular compartments in mouse brain tissue​
  • Elektronenmikroskopische Gefügebilder liefern Informationen in hoher Auflösung, mit denen sich die Anzahl der einzelnen Myelinlamellen zählen und die Gesamtdicke der Myelinscheide messen lässt.
    Myelinlamellen Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.
    Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.

    Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.

    Elektronenmikroskopische Gefügebilder liefern Informationen in hoher Auflösung, mit denen sich die Anzahl der einzelnen Myelinlamellen zählen und die Gesamtdicke der Myelinscheide messen lässt.

    Angesichts der spärlichen Strukturen in diesen Proben entstehen erhebliche Aufladungseffekte. Focal Charge Compensation beseitigt diese Effekte – so erhalten Sie Bilder in höchstmöglicher Auflösung in allen drei Richtungen.

  • Mit freundlicher Genehmigung von NCMIR.

    Die Animation zeigt einen Durchlauf durch einzelne Schnitte (x–y) des Rückenmarks einer Ratte mit 3View® und Focal Charge Compensation. Einzelne Lamellen in den Myelinscheiden der Axone sind deutlich sichtbar, ebenso wie Mikrotubuli und andere Zellorganellen.

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