Software

ZEISS arivis Pro

Ihre Lösung für hochmoderne Bildanalyse und Visualisierung

Mit unseren leistungsstarken Bildanalyse- und Visualisierungswerkzeugen maximieren Sie das Potenzial Ihrer Bilder. Erstellen Sie in nur wenigen Klicks nahtlose Analyse-Pipelines und verarbeiten Sie umfangreiche Datensätze mühelos. „Tauchen Sie ein in Ihre Probe“ mit unserem VR Toolkit und eröffnen Sie sich eine neue Perspektive.

Click-&-Play-Lösung für routinemäßige oder individuell angepasste Workflows
Flexible Pipelines mit einer Kombination aus verschiedenen Operatoren
Kompatibel mit mehreren Bilddateiformaten
Beschleunigen Sie Ihre Forschung mit KI ganz ohne Programmierkenntnisse
Visualisierung großer Datenmengen mit GPU-basierter 3D-Engine

Eine Wissenschaftlerin in einem Mikroskopielabor betrachtet einen Desktopmonitor, auf dem ein Bildschirm aus der ZEISS arivis Pro Software mit Analyseergebnissen zu Kernporenkomplexen aus FIB-REM-Volumen-Elektromikroskopiedaten angezeigt wird. Im Hintergrund sind zwei weitere Wissenschaftler zu sehen.

Flexible durchgängige Bildanalyse-Pipelines

Mit ZEISS arivis Pro automatisieren Sie die Bildanalyse- und Visualisierungs-Pipelines. Sie erstellen mühelos Pipelines für alle Bildgrößen, Dimensionen oder Modalitäten mithilfe von herkömmlichen Methoden oder mit KI-Modellen – ganz ohne Programmierung.

Die Software unterstützt und verarbeitet mehr als 30 gängige Dateiformate. Verarbeiten Sie große Dateien effizient und einfach. Vorkonfigurierte Pipelines und Standard-Assays stehen sowohl für einfache als auch für anspruchsvolle Analyseaufgaben bereit. Oder passen Sie die Pipelines an Ihre speziellen Ziele an.

Mit nur einem Klick wiederholen Sie Ihre Analyse für konsistente, quantitative Ergebnisse. Steigern Sie die Produktivität und sorgen Sie für reproduzierbare Ergebnisse.

Demo anfordern

Subzelluläre Analyse basierend auf einem KI-Modell eines FIB-REM-Bilds — Mit freundlicher Genehmigung von Anna Steyer und Yannick Schwab, EMBL.

Erweiterte 3D-Analyse

Beschleunigen Sie Ihre Ergebnisse mit KI – selbst bei komplexen Aufgaben. Annotieren Sie Schnitte im Z-Stapel, um Ihre Modellsegmentierung und -klassifizierung zu trainieren und dann auf den gesamten Datensatz anzuwenden. Verwenden Sie Machine-Learning- und Deep-Learning-Operatoren lokal oder trainieren Sie Modelle in der Cloud und importieren Sie diese dann als Herzstück für Ihre automatisierte Pipeline. Visualisieren Sie Ergebnisse in 3D und erstellen Sie Videos für einen hochwertigen Analysebericht in wenigen Mausklicks.

3D-Organoidanalyse — Probe mit freundlicher Genehmigung von Lutholf Lab, Imaging von Frank Vogler im ZEISS Customer Center.

High-Content-Analyse

Die Wirkstofffindung bei komplexen Erkrankungen erfordert fortschrittliche Bildanalysemethoden wie das Screening gegen eine breitere Darstellung des Zell- oder Gewebephänotyps, skalierbar von 2D bis 4D. Trainieren Sie ein KI-Modell mit der ZEISS arivis Software in der Cloud oder lokal und automatisieren Sie die Bildanalyse, um Zeit zu sparen, menschliche Fehler zu reduzieren und konsistente Ergebnisse zu erzielen.

Tracking und Linien

Quantifizieren Sie Zellteilungs- und Migrationsphänotypen und verfolgen Sie Änderungen in 2D- und 3D-Bildsätzen jeder Größe. Kontrollieren Sie automatisch erzeugte Tracks präzise mit ZEISS arivis Pro VR in einer immersiven VR-Umgebung. Wenden Sie Ihre Pipeline mühelos auf weitere Datensätze an.

Automatisiertes 3D-Neuronen-Tracing von neuronalem Gewebe (Mäusehirn). — Mit freundlicher Genehmigung von Dr. Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Deutschland.

Automatisiertes 3D-Neuronen-Tracing von neuronalem Gewebe (Mäusehirn). Mit freundlicher Genehmigung von Dr. Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Deutschland. — Mit freundlicher Genehmigung von Dr. Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Deutschland.

Neurobiologie

Stellen Sie bahnbrechende Neuronen-Tracing-Algorithmen für automatische, wiederholbare Analysen diverser Bilder mit einem einzigen Klick bereit. Quantifizieren Sie Neuronen, Glia-/Mikrogliazellen, Axone und vieles mehr, selbst bei niedrigem Signal-Rausch-Verhältnis (SNR). Bearbeiten Sie Traces schnell und einfach mit unseren halbautomatischen VR-Tools und interaktiven Werkzeugen. Analysieren Sie Daten aus früheren Experimenten, unabhängig vom Bildformat.

Tintenfischprobe, visualisiert und angezeigt in einer VR-Umgebung mit Sprachsteuerung.

ZEISS arivis Pro VR Toolkit

Erhalten Sie eine neue Perspektive Ihrer Probe in einer immersiven Virtual-Reality-Darstellung. Ohne Verbindung zu Tastatur und Maus können Sie Ihre digitalen Bilddaten direkt bewegen, drehen, skalieren und formen. Erleben Sie eine tiefgehende Wahrnehmung, die den realen Bedingungen entspricht.

Untersuchen Sie Ihre Probe in 3D
Betrachten Sie Details aus verschiedenen Winkeln
Führen Sie eine Live-Überprüfung der Probe und der Ergebnisse zusammen mit Kollegen durch
Einfache Sprach- und Handsteuerung
Effektive, interaktive Kontrolle und Bearbeitung automatischer Analyseergebnisse.

Über 30 Bilddateiformate konvertieren

Ganz gleich, mit welchem Gerät ein Bild erstellt wurde, und unabhängig vom Format und der Dateigröße: Der ZEISS arivis SIS Converter konvertiert Bilddateien mühelos in unser SIS-Format (Scalable Image Storage) für die schnelle und interaktive Untersuchung mit ZEISS arivis Pro, arivis Pro VR und arivis Hub. Sie sparen viel Zeit und behalten gleichzeitig alle Daten für eine eingehendere Analyse.

Unterstützt die Dateikonvertierung von über 30 Formaten
Warteschlange für mehrere Import- und Konvertierungsaufgaben
Unbeaufsichtigte Stapelkonvertierung
Anwenderfreundliche Benutzeroberfläche für die Verwaltung der Dateikonvertierungsaufgaben
Nicht nur Mikroskopiebilder (z. B. CT, MRT)

Unterstützte Bilddateiformate

Inhalt von Dritten geblockt

Der Videoplayer wurde aufgrund Ihrer Trackingeinstellungen blockiert. Klicken Sie zum Ändern der Einstellungen und Abspielen des Videos auf die Schaltfläche unten und stimmen Sie der Nutzung „funktionaler“ Trackingtechnologien zu.

ZEISS arivis Software stellt die individuelle Anpassung für Anwender in den Mittelpunkt der Mikroskopiebildanalyse

ZEISS arivis Pro 4.2 bietet Anwendern die Freiheit, die optimale Bildanalysemethode für ihre speziellen Anforderungen auszuwählen.

Die neue Version bietet erweiterte KI-gestützte Werkzeuge, 3D-Analysefunktionen und die Verarbeitung großer Datensätze. Die Software ermöglicht eine beispiellose Flexibilität bei der Anpassung von Workflows in der Mikroskopiebildanalyse an Forschungsfragen.

In diesem kurzen Video erfahren Sie mehr über die neuesten Funktionen.
Drip Cellpose

Umfang

Neu und bemerkenswert:

Optimiertes Meshing und Rendering für unbegrenzt viele Objekte im 4D-Viewer
Instanzsegmentierung (objektbasierte Segmentierung) durch Deep-Learning-Modelle, die in ZEISS arivis Cloud trainiert werden

Segmentierung von Zellen und Zellkernen in Mikroskopiebildern mithilfe des Cellpose-Modells
Die hochpräzise Vorschau in der Analyse-Pipeline kann 3D-Daten verarbeiten und damit eine noch aussagekräftigere Vorschau liefern
Die Analyse kann bei der Objekterstellung (z. B. im Neuron Tracer) direkt eine Vorschau im 4D-Viewer anzeigen
Machine Learning kann die verwendeten Funktionen automatisch optimieren (zur Verbesserung der Leistungsfähigkeit)
Verbesserte Verarbeitung bei großen Mengen an Objekten in der Objekttabelle
Das Rebranding ist abgeschlossen: Die Software heißt nun „ZEISS arivis Pro“
Probe von Arabidopsis thaliana in der Kryo-Volumen-Elektronenmikroskopie (Kryo-vEM), bereitgestellt von York-Dieter Stierhof, Universität Tübingen.

Zusammenfassung der Änderungen in arivis Vision4D 4.1.2, freigegeben am 16. November 2023

Cellpose-Segmentierung:

Verbesserung: bessere Speicherprüfungen zur Vermeidung interner Fehler
Verbesserung: klarere Fehlermeldungen und Warnungen
Verbesserung: bessere Beschreibung der verfügbaren vortrainierten Modelle in der Hilfe
Änderung: ebenenweise Verarbeitung ist nun standardmäßig aktiviert
Korrektur: Verarbeitung von Ergebnissen, die nicht für den ersten Zeitpunkt gelten, sondern für andere Zeitpunkte (in Kombination mit Voxelfiltern)
Korrektur: Normalisierung von Daten mit Fehlern im minimalen Intensitätswert
Korrektur: sonstige kleine Korrekturen für die Cellpose-Segmentierung

Import:

Verbesserung: Import von Kanalnamen für XDCE-Daten
Korrektur: Importprobleme bei einigen ND2-Zeitreihen

Allgemeines:

Verbesserung: schnellere Freigabe einer verbrauchten Lizenz nach dem Beenden der Anwendung
Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

Zusammenfassung der Änderungen in arivis Vision4D 4.1.1
Freigegeben am 25. Juli 2023

Neu und bemerkenswert:

Cellpose-Segmentierung: direkter Import von vortrainierten Cellpose-Modellen für die einfache und schnelle Segmentierung in der Analyse-Pipeline

Analyse:

Neu: nativer Cellpose-Segmentierungsanalysevorgang (Python nicht erforderlich)
Neu: Export eines erstellten Modells aus dem Deep-Learning-Trainer als CZANN
Verbesserung: Deep-Learning – bessere Kompatibilität mit N2V-Modellen von ZEISS ZEN
Verbesserung: Option „Allow Holes“ ist für die DL-Segmentierung standardmäßig aktiviert
Verbesserung: bessere Konfliktvalidierung beim Umbenennen von DL-Trainings
Korrektur: seltene Fälle, in denen die Position von Tracks nach der skalierten Analyse inkorrekt ist
Korrektur: potenziell falsche Segmentreferenz für Zellkörper in einem Trace

4D-Viewer:

Verbesserung: automatischer Zoom beim Doppelklicken auf ein Objekt ist im 4D-Viewer besser nutzbar
Korrektur: bisweilen waren Traces (kegelförmige Darstellung) im 4D-Viewer nicht auswählbar

Allgemeines:

Neu: Bereitstellung einer Beschreibung und eines Offline-Downloads für optionale Komponenten im Installationsprogramm
Korrektur: verbesserte Kompatibilität für DeltaVision-DV-Import
Korrektur: „What’s New“ wird nach einer Aktualisierung zuverlässiger geöffnet
Korrektur: das Installationsprogramm sorgt dafür, dass keine Dateien aus früheren Vision4D-Versionen im Installationsordner verbleiben
Zusätzliche kleine Korrekturen und Verbesserungen in der arivis_dl-Bibliothek
DL-Trainingsvorgang

DL-Trainingsvorgang

DL-Trainingsvorgang

Zusammenfassung der Änderungen in arivis Vision4D 4.1
Freigegeben am 27. März 2023

Neu und bemerkenswert:

Neues optionales Modul: arivis AI toolkit bietet einen kompletten Deep-Learning-Workflow direkt in Vision4D – Annotation, Training und Inferenz
Verschiedene Verbesserungen im Tracing-Workflow
Wellplate Editor für die manuelle Zuweisung von Bildsätzen zu Wells oder zu Feldern in einem Well

arivis AI toolkit:

Neu: Optionales Modul arivis AI toolkit
Neu: Deep-Learning-Trainer-Bereich zum Einrichten und Trainieren eines DL-Modells
Neu: Segmente mit dem Draw Tool zeichnen, um Bereiche für Klassen zu annotieren
Neu: Einsatz rudimentärer Annotationen, damit nicht auf jedem Bildpunkt gezeichnet werden muss
Neu: gezeichnete Objekte werden nach Klassen sortiert – Bildpunkte werden der obersten Klasse zugewiesen (Überlappungen müssen nicht mehr ausgeschnitten werden)
Neu: vorhandene Segmente für die Klassendefinition hinzufügen und wiederverwenden
Neu: automatische Clusterbildung auf der Basis des annotierten Hintergrunds möglich
Neu: direkt aus Vision4D heraus das DL-Training starten und den Fortschritt überwachen
Neu: das trainierte DL-Modell für die Inferenz direkt in der Analyse-Pipeline öffnen
Neu: das trainierte DL-Modell als ONNX exportieren
Neu: zusätzliches Installationspaket zum Einrichten einer kompletten DL-Python-Umgebung
Werkzeuge:

Neu: Draw Tool hat ein Kontextmenü und bessere Unterstützung für Tastenkombinationen
Neu: Draw Tool berücksichtigt den Bereich für das DL-Training
Neu: Draw Tool ermöglicht das Ändern der zu zeichnenden Klasse per Tastenkombination oder Kontextmenü (im DL-Trainer-Modus)
Verbesserung: Trace Tool – Verbindung mit einem Zellkörpersegment
Verbesserung: Trace Tool – optimiertes Entfernen von Verzweigungen
Verbesserung: Meldungen über fehlgeschlagene Verbindungen („unable to connect“) im Trace Tool sind besser verständlich

Analyse:

Neu: „Neuron Tracer“ (in der Kategorie „Segmentierung“) wurde in „Neurite Tracer“ umbenannt
Neu: „Neuron Tracer (from Cell Body)“ wurde in „Neuron Tracer“ umbenannt
Neu: Neuron Tracer-Vorschau zeigt alle Teile in derselben Farbe
Neu: Neuron Tracer-Vorschau zeigt die gefilterten Teile leicht gedimmt (anstatt sie ganz auszublenden)
Verbesserung: Parametermarker im Neuron Tracer sind präziser
Verbesserung: Standard-Schwellenwert und Schwellenwertwarnungen im Neuron Tracer
Verbesserung: Kurzinfos im Neuron Tracer
Korrektur: wenn der Tracking-Vorgang zahlreiche Ergebnisse lieferte, wurden bisweilen die letzten Tracks nicht angezeigt
Korrektur: die Erstellung von (nahezu) leeren Traces im Neuron Tracer wird verhindert
Korrektur: es wird sichergestellt, dass immer sofort ein Vorschau-Fortschrittsmarker angezeigt wird

Visualisierung:

Neu: Anzeige von Ausgangspunkten kann für Traces deaktiviert werden
Verbesserung: optimierte Kegelerzeugung für Traces im 4D-Viewer
Verbesserung: Rückgriff auf linienbasierte Visualisierung, wenn die Kegel für die Traces die Arbeitsspeicherkapazität überschreiten
Verbesserung: Speicherung des zuletzt verwendeten Z-Projektionswerts für die Trace-Visualisierung in 2D
Korrektur: kleineres Problem mit der RGB-Projektion im 4D-Viewer

Datenverarbeitung:

Neu: Wellplate Editor für die manuelle Zuweisung von Bildsätzen zu Wells oder zu Feldern in einem Well
Neu: halbautomatische Zuweisung von Bildsätzen zu Wells oder Feldpositionen basierend auf dem Namen des Bildsatzes (im Wellplate Editor)
Neu: zusätzliches Importszenario, bei dem die Wells als Bildsätze importiert werden und anschließend der Wellplate Editor (für die manuelle Zuweisung) geöffnet wird
Korrektur: einige LaVision-Daten konnten nicht korrekt für TileSorter importiert werden
Korrektur: Probleme mit einigen CZI-Dateien beim Import für TileSorter

Allgemeines:

Neu: Service „Predictive Analytics“ als optionale Installation
Neu: gRPC-Serviceanschluss
Neu: ZenBridge kann mit dem gRPC-Serviceanschluss (optional) arbeiten
Verbesserung: der inbegriffene Sentinel-Treiber und die HASP-Bibliothek wurden auf Version 8.5 aktualisiert
Korrektur: Sortierreihenfolge in der Feldauswahl im Navigator (für Multiwellplatten-Daten)
Korrektur: seltener Absturz im Dialogfeld „Transform Surface“
Zusätzliche kleinere Korrekturen und Verbesserungen

Abberior Imspector (*.obf, *.msr)
AmiraMesh (*.am)
Aperio SVS (*.svs)
arivis Single Image Stack 3 (*.sis)
BigDataViewer-Dateiformat (*.xml)
CompuServe GIF (*.gif, *.giff)
DeltaVision-Bilddatei (*.dv)
DICOM-Verzeichnis (*.dicomdir, *.DICOMDIR)
DICOM-Bild (*.dcm)
Fiji/ImageJ-TIFF (*.tif, *.tiff)
GE InCell (*.xdce)
Hamamatsu, tiff-ähnliches Dateiformat (*.ndpi)
High Dynamic Range-Bild (*.hdr)
ICS 1.0/2.0-Dateiformat (*.ics, *.ibs)
Imaris IMS (*.ims)
Imspector (*.obf/*.msr)

JPEG/JFIF (*.jpg, *.jpeg, *.jif, *.jfif, *.j, *.jpe)
JPEG-2000 (*.jp2, *.j2k, *.j2c)
Leica-Bilddateiformat (*.lei,*.lif)
Luxendo-Bilder (als BigDataViewer-XML-Dateien gespeichert)
Metamorph STK (*.stk)
Mirax SliceAC-Dateiformat (*.mrxs)
Molekulare Geräte (GE IN Carta)
Neuroimaging Informatics Technology Initiative-Bilddateiformat (*.hdr, *.nii, *.nii.gz)
Nikon ND2-Dateien (*.nd2)
Olympus-Dateiformat (*.oir, *.oib, *.oif)
Olympus Media Handler (*.vsi)
OME-TIFF (*.tif, *.tiff)
OME-TIFF/FEI (*.tif, *.tiff)
OME-TIFF/LaVision (*.tif, *.tiff)
Perking Elmer PE (PE-Standardformat, *.qptiff-Columbus-Metadaten)

Portable Network Graphics (*.png)
Slidebook (*.sld) Media Handler
TIFF, getaggtes Bild (*.tif, *.tim, *.tiff)
TillVision-Dateiformate (*.rbinf, *.ini)
TrakEM2-Bilddateiformat (trakem2.xml, *.xml)
VGI/VOL Media Handler
VG Studio Max (*.vgl)
VG Studio Images VOL Media Handler (*.vol, *.vgi)
Virtual Microscopy Specimen-Dateiformat (*.vms, *.vmu)
Windows Bitmap (*.bmp, *.rle, *.vga, *.rl4, *.rl8, *.sys)
Zeiss Axiovision ZVI (*.zvi)
Zeiss CZI/ZISRAW (*.czi, *.zisraw)
Zeiss LSM-tiff (*.lsm)
Yokogawa CV (*.mlf)
Yokogawa CPf (*.mmd)
SIS Converter herunterladen

Downloads

ZEISS arivis product family information

ZEISS arivis software solutions for advanced image analysis

6 MB

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ZEISS Lösungen für die Entwicklung, Fertigung und Analyse von Halbleitern

Schnellere Digitalisierung und Innovation in der Halbleiterelektronik

84 MB

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Verfügbare Übersetzungen und weitere Benutzerhandbücher finden Sie im ZEISS Download Center.

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