Illustration Developer-Toolkit-Paket
 ZEN SOFTWARE TOOLKITS

Developer Toolkit

Software-Einbindung und -Anpassung in den Biowissenschaften

Moderne Imaging-Experimente verlangen oft nach vernetzten Zusatzgeräten. Für Ihren Arbeitsablauf benötigen Sie vielleicht außerdem erweiterte Funktionen in FIJI and Python, aber nicht in ZEN. Das ZEN Developer Toolkit ermöglicht jetzt die nahtlose Einbindung externer Tools in ZEN – oder umgekehrt – und definiert so die Grenzen der Experimentautomatisierung neu.

  • Zahlreiche verschiedene Schnittstellen
  • Skript-Schnittstelle mit integrierter IDE
  • Gerätesteuerung über externe Software
Illustration verschiedener Möglichkeiten, auf ZEN zuzugreifen

Zahlreiche verschiedene Schnittstellen

Vielseitige Interaktion mit Ihrem Gerät

Es gibt verschiedene Möglichkeiten, über externe Tools auf ZEN – inklusive der Gerätesteuerung – zuzugreifen. Open Application Development (OAD) legt die Grundlagen für die Workflow-Anpassung, Automatisierung und Ausführung externer Analysen (z. B. in FIJI oder Python). Die Gerätesteuerung ist remote von externen Anwendungen aus über TCP/IP-Schnittstellen möglich. Mithilfe von ZEN-Erweiterungen können außerdem weitergehende Anwendungen entwickelt werden.

Skript-Schnittstelle mit integrierter IDE
Skript-Schnittstelle mit integrierter IDE

Skript-Schnittstelle mit integrierter IDE

Umfassende Workflow-Anpassung mit dem speziellen ZEN-Skripttool

Das Herzstück des Developer Toolkit ist die integrierte Entwicklungsumgebung (IDE) von ZEN für IronPython-Skripte. Damit lassen sich IronPython-Pakete und .NET-Bibliotheken importieren. Die schlanke IDE ermöglicht die Aufzeichnung manueller Arbeitsabläufe in ZEN, die Codebearbeitung mit der Intellisense-Codevervollständigung und das Debugging. Nahezu alle Hardwaresteuerungs- oder Analysefunktionen von ZEN können genutzt werden. Zudem ist es möglich, externe Analysesoftware aus den Skripten heraus auszuführen.

Gerätesteuerung über externe Software

Umfassende Workflow-Anpassung mit der ZEN-Fernsteuerung

Wenn Sie das Imaging in den benutzerdefinierten Arbeitsablauf einbinden möchten, können Sie ZEN einfach über externe Software steuern. In ZEN sind die anwenderfreundlichen TCP/IP- und COM-Schnittstellen implementiert, mit denen externe ZEN PythonScript-Befehle empfangen werden können. Damit können Sie nun schnell und einfach einzelne Befehle und auch ganze OAD-Makros mit minimalem Zusatzaufwand senden.

ZEN Macro-IDE – Merkmale und Bausteine

    • Codevervollständigung

      Codevervollständigung

    • Die Codevervollständigung im Makroeditor beschleunigt die Skriptcodierung. Diese Funktion schlägt Objektvariablen und Methoden vor, sodass die Wahrscheinlichkeit von Tippfehlern sinkt.
      Codevervollständigung
    • Über Makros können Hardwareparameter auf Systemen aufgerufen und gesteuert werden – so lassen sich Imaging-Abläufe automatisieren und individuell anpassen.
      Hardwaresteuerung
    • Nutzen Sie Makros, um Ihre Bildverarbeitungsabläufe zu automatisieren und anzupassen. Sie erhalten Zugriff auf nahezu alle Funktionen in ZEN, von der Bildanalyse über BioApps bis Intellesis und vieles mehr.
      Verarbeitung und Bildanalyse
    • Mit der ZEN-API erstellen Sie interaktive Anwendereingabeskripte. Die Experimentparameter lassen sich über Textfelder, Drop-down-Menüs und UI-Elemente definieren und aufrufen.
      Einfache GUI-Erstellung
    • IronPython-Funktionen

      IronPython-Funktionen

    • Ausführung externer Anwendungen

      Ausführung externer Anwendungen

    • Importieren von Diagrammen in ZEN

      Importieren von Diagrammen in ZEN

    • Einbindung von Makros

      Einbindung von Makros

    • Der ZEN-Makroeditor beruht auf IronPython für .NET-Skripte und ist mit CPython 2.7 und .NET-Assemblys kompatibel. So lassen sich auch komplexe Makros erstellen.
      IronPython-Funktionen
    • Nur wenige Codezeilen genügen, um die Bildverarbeitung über eine externe Software in den ZEN-Makroeditor einzubinden.
      Ausführung externer Anwendungen
    • Als letzter Schliff bei der Anpassung von Arbeitsabläufen können Sie externe Diagramme erneut importieren. ZEN kann gängige Datenformate wie PNG oder JPEG einlesen.
      Importieren von Diagrammen in ZEN
    • Binden Sie Ihr neues Makro dauerhaft in die ZEN-UI ein und nutzen Sie es regelmäßig. Es wird als anklickbare Schaltfläche im Bereich oberhalb des Bildbetrachters angezeigt.
      Einbindung von Makros

Skriptressourcen

Tutorials, Vorlagen, Programmierumgebungen und Anwenderforen

OAD-GitHub-Seite – Skripte für ZEN-Anwendungen

Tutorials, Vorlagen, Programmierumgebungen und Anwenderforen

Auf der GitHub-Seite von OAD finden Sie Skripte für die Automatisierung von ZEN-Anwendungen wie BioApps, Experiment Feedback, Guided Acquisition, Intellesis Machine Learning, ZEN Connect und vieles mehr.

OAD-GitHub-Seite – Vorlagen für SW-Schnittstellen

Die GitHub-Seite enthält Skripte zur Einbindung externer Anbieter (FIJI, Python, Napari, Matlab, Jupyter Notebook) für den Bildimport und -export, für COM/TCP-IP-Schnittstellen und für das Einlesen von CZI-Bildformaten.

OAD-GitHub-Seite – Google Colab Workspace

Die Jupyter Notebook-Skripte von GitHub lassen sich in Google Colabs aufrufen. Das schafft die Grundlage für interaktives Lernen mit gut dokumentierten Skripten. Die Skripte laufen in der Google-Cloud mit GPU-Unterstützung und sind damit ideal für das maschinelle Lernen.

ZEISS Microscopy Entwicklercommunity

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ZEISS Microscopy hostet ein Forum für Diskussionen und Hilfestellung rund um OAD-Skripte. Hier können die Anwender zusammenarbeiten, Fragen stellen und schnelle Rückmeldungen erhalten, sowohl von Fachkollegen als auch von ZEISS Experten.

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