Developer Toolkit
Software-Einbindung und -Anpassung in den Biowissenschaften
Moderne Imaging-Experimente verlangen oft nach vernetzten Zusatzgeräten. Für Ihren Arbeitsablauf benötigen Sie vielleicht außerdem erweiterte Funktionen in FIJI and Python, aber nicht in ZEN. Das ZEN Developer Toolkit ermöglicht jetzt die nahtlose Einbindung externer Tools in ZEN – oder umgekehrt – und definiert so die Grenzen der Experimentautomatisierung neu.
Zahlreiche verschiedene Schnittstellen
Vielseitige Interaktion mit Ihrem Gerät
Es gibt verschiedene Möglichkeiten, über externe Tools auf ZEN – inklusive der Gerätesteuerung – zuzugreifen. Open Application Development (OAD) legt die Grundlagen für die Workflow-Anpassung, Automatisierung und Ausführung externer Analysen (z. B. in FIJI oder Python). Die Gerätesteuerung ist remote von externen Anwendungen aus über TCP/IP-Schnittstellen möglich. Mithilfe von ZEN-Erweiterungen können außerdem weitergehende Anwendungen entwickelt werden.
Skript-Schnittstelle mit integrierter IDE
Umfassende Workflow-Anpassung mit dem speziellen ZEN-Skripttool
Das Herzstück des Developer Toolkit ist die integrierte Entwicklungsumgebung (IDE) von ZEN für IronPython-Skripte. Damit lassen sich IronPython-Pakete und .NET-Bibliotheken importieren. Die schlanke IDE ermöglicht die Aufzeichnung manueller Arbeitsabläufe in ZEN, die Codebearbeitung mit der Intellisense-Codevervollständigung und das Debugging. Nahezu alle Hardwaresteuerungs- oder Analysefunktionen von ZEN können genutzt werden. Zudem ist es möglich, externe Analysesoftware aus den Skripten heraus auszuführen.
Gerätesteuerung über externe Software
Umfassende Workflow-Anpassung mit der ZEN-Fernsteuerung
Wenn Sie das Imaging in den benutzerdefinierten Arbeitsablauf einbinden möchten, können Sie ZEN einfach über externe Software steuern. In ZEN sind die anwenderfreundlichen TCP/IP- und COM-Schnittstellen implementiert, mit denen externe ZEN PythonScript-Befehle empfangen werden können. Damit können Sie nun schnell und einfach einzelne Befehle und auch ganze OAD-Makros mit minimalem Zusatzaufwand senden.
ZEN Macro-IDE – Merkmale und Bausteine
Skriptressourcen
Tutorials, Vorlagen, Programmierumgebungen und Anwenderforen
OAD-GitHub-Seite – Skripte für ZEN-Anwendungen
Tutorials, Vorlagen, Programmierumgebungen und Anwenderforen
Auf der GitHub-Seite von OAD finden Sie Skripte für die Automatisierung von ZEN-Anwendungen wie BioApps, Experiment Feedback, Guided Acquisition, Intellesis Machine Learning, ZEN Connect und vieles mehr.
OAD-GitHub-Seite – Vorlagen für SW-Schnittstellen
Die GitHub-Seite enthält Skripte zur Einbindung externer Anbieter (FIJI, Python, Napari, Matlab, Jupyter Notebook) für den Bildimport und -export, für COM/TCP-IP-Schnittstellen und für das Einlesen von CZI-Bildformaten.
OAD-GitHub-Seite – Google Colab Workspace
Die Jupyter Notebook-Skripte von GitHub lassen sich in Google Colabs aufrufen. Das schafft die Grundlage für interaktives Lernen mit gut dokumentierten Skripten. Die Skripte laufen in der Google-Cloud mit GPU-Unterstützung und sind damit ideal für das maschinelle Lernen.
ZEISS Microscopy Entwicklercommunity
ZEISS Microscopy hostet ein Forum für Diskussionen und Hilfestellung rund um OAD-Skripte. Hier können die Anwender zusammenarbeiten, Fragen stellen und schnelle Rückmeldungen erhalten, sowohl von Fachkollegen als auch von ZEISS Experten.