Automatice sus flujos de trabajo neurocientíficos y de trazado neuronal

La microscopía y el aprendizaje profundo son herramientas valiosas en la investigación del Parkinson, ya que permiten a los investigadores estudiar los circuitos neuronales y comprender los mecanismos celulares que regulan la formación y composición de sinapsis.

En esta aplicación de trazado neuronal, se ha entrenado un modelo de segmentación semántica basado en aprendizaje profundo con ZEISS arivis Cloud, con el fin de separar espinas dendríticas y proyecciones neuronales a partir de imágenes de z-stack en 3D obtenidas con un microscopio ZEISS Celldiscoverer 7. Se ha empleado un proceso repetitivo que implica el entrenamiento de modelos centrados en datos con el fin de perfeccionar el modelo antes de integrarlo en un flujo de trabajo de análisis de imágenes con el 3D Toolkit ZEN.

La segmentación correcta de espinas dendríticas usando el modelo entrenado demuestra la eficacia del aprendizaje profundo en análisis de imágenes complejos y su potencial para contribuir en la futura investigación de enfermedades neurológicas.

El módulo Automatic Neuron Tracing de ZEISS arivis Pro permite analizar incluso redes estructurales complejas en conjuntos de datos multicanal en 2D o 3D de casi cualquier tamaño. El algoritmo se basa en la integración de dos métodos publicados recientemente para el trazado neuronal y ha sido probado con 100 s de GB. Los algoritmos más recientes ofrecen un enfoque sencillo con total flexibilidad e interactividad en todos los pasos.

La innovadora arquitectura de software ofrece el máximo rendimiento en aplicaciones de trazado para una gran variedad de modalidades de captura de imágenes. Junto con nuestro mejor entrenamiento de modelos de IA en ZEISS arivis Cloud, el trazado y la edición del trazado automáticos de conjuntos de datos multidimensionales se han convertido en una tarea sencilla que no requiere de conocimiento experto en bioinformática. La nueva herramienta de edición de trazados semiautomática crea un trazado o rama neuronal de forma interactiva dibujando en el visor con detección automática de la trayectoria. Puede utilizar la RV inmersiva para examinar sus muestras y corregir los resultados.