ZEISS Lightsheet 7

Riñón de ratón limpiado con el protocolo iDISCO y captado en cinamato de etilo con la óptica de detección 5× / 0,16 foc y Clr 20× / 1,0 nd = 1,53 (inserción) de ZEISS Lightsheet 7. Se realizó una perfusión del ratón con lectina de tomate conjugada con DyLight 594 para visualizar la vasculatura y los glomérulos (rojo). En verde: autofluorescencia para visualizar la anatomía tisular. La captura de imágenes de órganos enteros en 3D y el análisis computacional de imágenes del tamaño y número glomerular ayudan a entender mejor los mecanismos de las diversas enfermedades renales, p. ej., la nefropatía diabética. Procesado con arivis Vision4D^® en ACQUIFER HIVE.

Conjunto de datos 3D de una tráquea de ratón P10 que presenta la organización anatómica de las fibras nerviosas mecanosensoras. Tinción: DAPI, colágeno IV (anticuerpo Alexa 488), fibras sensoriales (estrés del indicador con expresión de tdTomato, anticuerpo Alexa 555), proteína de neurofilamentos NF200 (fibras nerviosas mielinizadas, anticuerpo Alexa 647).

La muestra se limpió en PEGASOS (Jing et al., 2018, Cell Research) captada en BB-PEG a RI de 1,54 con óptica de detección 5× / 0,16 foc y Cl r 20× / 1,0 nd = 1,53, respectivamente. Conjunto de datos con 5 aumentos: escala de píxeles 0,61 × 0,61 × 1,63 micras, cuadros de 3×3, zoom de 1,5×, 1230 secciones z, conjunto de datos de 20 aumentos con volumen de 2,57 × 2,58 × 2 mm: escala de píxeles 0,23 μm × 0,23 × 0,58 micras, cuadros de 1×5, zoom de 1,0×, 4206 secciones z, volumen de 2,0 × 0,45 × 1,82 mm.

Las salamandras tienen la increíble capacidad de regenerar sus extremidades y su médula espinal. Las herramientas de genética molecular permiten identificar las células madre responsables de esta compleja regeneración y las señales de respuesta a la lesión que inician su proliferación. El antebrazo del ajolote se ha limpiado en cinamato de etilo (Masselink, W. et al. Development 146, (2019)) y se ha captado con una óptica de detección 5× / 0,16 con un índice de refracción de 1,57. El conjunto de datos de varios cuadros se alineó, se fusionó y se renderizó con el software de captura de imágenes ZEN y el software arivis Vision4D® en una plataforma de datos ACQUIFER HIVE.

Capturar imágenes de células enteras en el cerebro humano es una tarea casi imposible, debido a la morfología tremendamente sofisticada de las neuronas y su propagación por todo el órgano. Los organoides permiten la recapitulación del cerebro humano en cierto grado, incluyendo la producción de neuronas a partir de cultivos de células madre neuronales. Con la limpieza ECi se puede estudiar la morfología neuronal de nivel local a global, lo cual da lugar a posibilidades fascinantes para el estudio de la morfología neuronal en 3D.

Organoides neuronales de 35 días de edad con una pequeña fracción marcada con GFP/tdtomato (3 % de GFP y 3 % de tdtomato) captada con un objetivo Clr 20× / 1,0 nd = 1,53.
Escala de píxeles: 222 × 222 × 567 nm.
Volumen de la imagen: 1,66 × 0,66 × 1,6 mm.

La captura de imágenes de órganos linfoides intactos en 3D permite analizar y cuantificar la respuesta inmune a la infección viral. Las células T se transfirieron a ratones huéspedes de tipo salvaje antes de la recolección. El ganglio se limpió, fijó y se aclaró usando Ce3D (Li et al. PNAS 163, 2017) antes de la captura de imágenes con IR = 1,49 (ph 7) con una óptica de detección 5× / 0,16 (volumen 2,5 × 2,5 × 1,6 mm). La imagen muestra células T CD8+ nativas marcadas con GFP (amarillo), los folículos de células B están teñidos usando B220 (cian) y la red de vasculatura CD31 (magenta).

Se perfusionó un ratón C57 BL6J con PBS y un 4 % de PFA. El cerebro se tiñó con perfusión de colorante Cell-Tracker™ CM-DiI, un colorante lipídico para marcar las membranas de la vasculatura. La muestra se limpió usando el protocolo iDISCO+, equilibrada en cinamato de etilo como RIMS final. Después se captaron imágenes en cinamato de etilo con un IR = 1,565 con óptica de detección Fluar 2,5× / 0,12 en una cámara de captura de imágenes de mesoescala translúcida.

La imagen de inserción de alta resolución de la derecha se captó con Clr Plan-Neofluar 20× / 1,0 Corr nd = 1,53. El volumen de la imagen es de 13,1 × 13,1 × 6 mm con una resolución de píxeles de 1,83 × 1,83 × 6,77 μm. Se captó en unos 40 minutos en cuadros de 4×4, 866 secciones z. El volumen de datos es de 93 GB. Datos procesados con el software de captura de imágenes ZEN y arivis Vision4D^® en una plataforma de datos ACQUIFER HIVE.

El cerebro de ratón se limpió con el protocolo CLARITY con la captura final de imágenes en EasyIndex con un índice de refracción IR = 1,46.

Expresión de tdtomato que genera Parvalbumina-Cre. La parvalbumina se expresa en una población de interneuronas en el cerebro y las células de Purkinje en el cerebelo. El conjunto de datos de todo el cerebro se captó en ZEISS Lightsheet 7 con la óptica de detección 5× / 0,16 foc. El volumen de la imagen es de 11 × 20 × 8,8 mm con una resolución de píxeles de 0,91 × 0,91 × 5,35 μm (12 028 × 22 149 × 1621 vóxeles). Se captó en cuadros de 6x10, 1621 secciones z. El volumen de datos es de 1,2 TB (805 GB tras unir las imágenes). Los datos se procesaron con el software de captura de imágenes ZEN y arivis Vision4D^® en una plataforma de datos ACQUIFER HIVE.