ZEISS ZEN: monitorice con ZEN
Software

Software de microscopía ZEN

La solución completa para obtener información de las muestras

ZEN es la interfaz de usuario universal que verá en todos los sistemas de captura de imágenes de ZEISS. Para trabajos sencillos y rutinarios, ZEN le llevará directo al resultado. En complejos experimentos de investigación, ZEN le ofrece la flexibilidad para diseñar flujos de trabajo multidimensionales de la forma que prefiera. No importa la tarea de microscopía que le espere, encontrará herramientas y módulos intuitivos que le ayudarán a:

  • Obtener imágenes usando la automatización inteligente
  • Procesar imágenes con algoritmos científicamente probados
  • Visualizar macrodatos mediante un motor en 3D alimentado con GPU
  • Analizar imágenes mediante herramientas basadas en el aprendizaje automático
  • Establecer la correlación entre microscopios ópticos y electrónicos
ZEISS ZEN: adquisición inteligente

Adquisición inteligente

Consiga que sus experimentos más complejos sean un éxito

Maneje todos sus dispositivos con la misma interfaz cómoda. Smart Setup, el centro de control inteligente, generará automáticamente los ajustes para usted, independientemente de los tipos de microscopio. ¿Quiere que sus experimentos sean reproducibles? Siempre que tenga una imagen en bruto de una adquisición de imágenes anterior, un simple clic bastará para replicar el experimento exacto de forma precisa. Encontrará muchas otras funciones de automatización inteligente, algunas de las cuales le guiarán en la detección de eventos poco comunes y otras le ayudarán con la calibración de hardware.

ZEISS ZEN: procesamiento cuantitativo

Procesamiento cuantitativo

Logre resultados reproducibles y fiables

Más de 180 herramientas de procesamiento de imágenes le ayudarán a transformar y gestionar sus datos. Solo tiene que buscar la palabra clave de su método previsto, p. ej., quimógrafo o deconvolución, y ZEN le llevará directamente hasta él. ZEN leerá los metadatos de la imagen introducida, después mostrará solo los pasos lógicos de procesamiento y optimizará los parámetros predefinidos de forma automática. Incluso puede procesar imágenes de otras plataformas usando herramientas de importación de otros proveedores. Gracias al espacio de trabajo al efecto, también puede procesar lotes de múltiples imágenes con facilidad para obtener resultados cuantitativos e imparciales.

ZEISS ZEN: potente visualización

Potente visualización

Interaccione con sus macrodatos con confianza

Genere rápidamente un enorme barrido en mosaico en 2D con múltiples canales a gran aumento y haga zoom fácilmente con solo desplazar la rueda del ratón, igual que cuando usa aplicaciones de mapas en su smartphone. ¿200 GB de datos completos procedentes del cerebro de un ratón? Solo tiene que cargarlos en ZEN y se sorprenderá de la velocidad y claridad de los distintos modos de renderizado en 3D. Gracias a la tecnología ImageCore de arivis y al uso eficiente de los recursos del sistema, puede visualizar sus imágenes grandes en 3D incluso en un hardware comercial.

ZEISS ZEN: análisis efectivo

Análisis sin esfuerzo

Obtenga información sobre su investigación de forma eficiente

El análisis de las imágenes es esencial para extraer información significativa de sus imágenes de microscopio, mediante herramientas digitales de segmentación y registro. ZEN aborda esta cuestión con las Bio Apps sencillas y modulares. Cada Bio App se ha optimizado para un tipo de aplicación, p. ej., recuento de células o medición de confluencia, con ajustes de segmentación adaptados y presentación de datos optimizada. El módulo ZEN Image Analysis cuenta con un asistente que le guía paso a paso durante la creación de sus mediciones únicas.

ZEISS ZEN: Microscopía correlativa única

Microscopía correlativa única

Combine perspectivas de diferentes escalas y modalidades

ZEN superpone, navega y organiza sus datos multimodales. ¿Invierte días enteros en localizar la sinapsis de dos neuronas especiales para la información ultraestructural? Mejore significativamente su eficiencia combinando los campos de visión de gran tamaño de un microscopio de fluorescencia widefield con el alto poder de resolución de un microscopio electrónico de emisión de campo. ZEN le permite obtener rápidamente una vista general de todo el corte con marcadores de fluorescencia, identificando y reubicando regiones de interés para la captura de imágenes de EM.

ZEISS ZEN: almacenamiento seguro

Almacenamiento seguro

Mantenga la confianza a la hora de manejar datos complejos

ZEN almacena cada uno de sus experimentos valiosos con todos sus metadatos.

El formato de archivo .czi es compatible con Bio-Formats y puede ser leído directamente por ImageJ y muchos otros programas de otros proveedores. Exporte sus datos a OME-TIFF (Open Microscopy Environment) para facilitar aún más el intercambio de datos de imágenes entre plataformas.

Para gestionar la enorme cantidad de datos, ZEN proporciona una plataforma central basada en servidor para almacenar y organizar sus datos brutos y gestionar el derecho de acceso de los usuarios. Al mismo tiempo, ZEN Data Explorer concede acceso basado en navegador desde cualquier lugar.

Estructura del kit de herramientas ZEN

Resumen de los kits de herramientas ZEN más importantes
Resumen de los kits de herramientas ZEN más importantes

Acceso simplificado a infinitas posibilidades

El software ZEN ofrece una solución integral exhaustiva para cualquier usuario de microscopio y está sometido a desarrollo continuo para abordar las aplicaciones emergentes en ciencias de la vida con nuevas funciones, p. ej., la adquisición inteligente automatizada, el análisis de imágenes intuitivo y la gestión de datos basada en la nube. No obstante, el aumento de funciones también hace que el ecosistema ZEN sea complejo. Con la estructura del kit de herramientas ZEN, dispondrá de opciones simplificadas que harán que las numerosas funciones sean más accesibles. Adapte su instalación del ZEN con kits de herramientas para la adquisición, el análisis y funciones especiales según las necesidades de sus experimentos.

Kits de herramientas ZEN

  • Base
    Obtenga imágenes básicas de experimentos de cámara rápida y fluorescencia multicanal con microscopios manuales, codificados y motorizados.

    Enfoque motorizado
    Adquiera imágenes de experimentos con fluorescencia multicanal, de lapso temporal y Z-stack, con el enfoque automático por software, el procesamiento de la profundidad de foco extendida y el procesamiento directo.

    Motorized
    Adquiera imágenes de experimentos con fluorescencia multicanal, de lapso temporal, Z-stack, barrido en mosaico y múltiples posiciones mediante el enfoque automático por software, el procesamiento de la profundidad de foco extendida y el procesamiento directo.

    Advanced
    Capte imágenes de experimentos multicanal de fluorescencia, cámara rápida, pilas Z, barrido en mosaico, múltiples posiciones y HDR confocal con el enfoque automático del software, el procesamiento de la profundidad de foco ampliada, el procesamiento directo y el análisis de colocalización.

    Smart
    Configure experimentos de adquisición no homogénea con una interfaz de usuario sencilla y realice la adquisición adaptativa y automatizada usando el análisis de imágenes con las herramientas de automatización de Python.

  • 2D
    Emplee funciones ampliadas de procesamiento de imágenes y realice análisis de imágenes automáticos en 2D guiados mediante un asistente de software intuitivo.

    3D
    Emplee funciones ampliadas de procesamiento de imágenes, visualice pilas de imágenes en 3D/4D con herramientas avanzadas de renderizado y realice análisis de imágenes en 3D guiados mediante un asistente de software intuitivo.

    IA
    Segmente, clasifique y elimine el ruido de las imágenes en base a algoritmos de aprendizaje profundo accesibles mediante una interfaz de usuario específica de entrenamiento de modelos de IA.

    Connect
    Obtenga y correlacione imágenes procedentes de diferentes instrumentos, como microscopios ópticos y electrónicos, con un espacio de trabajo centrado en la muestra y un sistema de gestión de archivos específico.

    Developer
    Personalice y automatice la adquisición de imágenes, el procesamiento y el análisis con un editor de comandos de Python dedicado para grabar, eliminar fallos y completar el código.

    Cuantificación molecular
    Capte y analice la dinámica molecular usando FRAP, FRET y la captura de imágenes proporcionales dentro de un espacio de trabajo de análisis específico usando los algoritmos más ampliamente utilizados. 

    Deconvolution
    Mejore de forma intuitiva la resolución de los datos en 2D y 3D hasta 120 nm usando 15 algoritmos de deconvolución publicados, gracias al eficiente procesamiento con múltiples CPU/GPU.

    Bio Apps
    Realice, sin necesidad de configuraciones, el recuento de células, la medición de confluencia, la detección de puntos, la expresión de genes/proteínas con la segmentación basada en IA y la presentación personalizada de los resultados.

Características destacadas de la última versión de ZEN

Descubra si puede beneficiarse de las últimas prestaciones disponibles con la versión más reciente de ZEN.

  • Instance Segmentation
    Instance Segmentation

    Mejora de rendimiento de la segmentación de casos

    Tras optimizar el rendimiento de formación del aprendizaje profundo en la versión anterior, esta versión añade el empleo de modelos acelerados. Se beneficiará de:

    • Mejor tiempo de obtención de resultados para la segmentación de casos
    • Conclusiones más rápidas también en el asistente de análisis de imágenes, las Bio Apps y los flujos de trabajo de adquisición guiada

    Hasta un 90 % más

    Mejora de la velocidad para imágenes 2D de gran tamaño, datos en 3D y series de tiempo

    Hasta 3 veces más

    Segmentación más rápida de conjuntos de datos con objetos pequeños

    Hasta 3 veces más

    Filtrado más rápido de predicciones en bruto

    De 2 a 30 veces más

    Transferencia más rápida de modelos a ZEN
    Como usuario del kit de herramientas Bio Apps, ahora puede analizar la translocación nuclear de moléculas
    Como usuario del kit de herramientas Bio Apps, ahora puede analizar la translocación nuclear de moléculas

    Nueva incorporación a Bio Apps: translocación

    Como usuario del kit de herramientas Bio Apps, ahora puede analizar la translocación nuclear de moléculas. El nuevo método cuenta con:

    • Configuraciones sencillas en un solo paso
    • Una vista específica de los resultados con mapas de calor en placas multipocillo
    • La opción de integrar una segmentación avanzada con aprendizaje profundo
      Procesamiento Lattice SIM en paralelo
      Procesamiento Lattice SIM en paralelo

      Procesamiento Lattice SIM en paralelo

      El procesamiento Lattice SIM se ha implementado como una característica de Direct Processing. Al llevar a cabo flujos de trabajo de procesamiento SIM², se beneficiará de:

      • Un tiempo de obtención de resultados mejorado
      • Un aumento de los recursos informáticos gracias al procesamiento en paralelo en una estación de trabajo de procesamiento específica
      • Una compresión de datos inteligente para transferir los archivos de forma más rápida
        Reducción de ruido en directo basada en IA
        Reducción de ruido en directo basada en IA

        Reducción de ruido en directo basada en IA

        En las modalidades widefield, los usuarios del kit de herramientas de IA ahora pueden utilizar el aprendizaje profundo Noise2Void durante el modo de adquisición continua. Esto permite:

        • Reducir el ruido en directo de forma eficiente con el mejor algoritmo de su clase
        • Explorar muestras con imágenes de calidad utilizando ajustes de iluminación suave
        • Reducir la fototoxicidad y el blanqueamiento
        • Instance Segmentation

          Instance Segmentation

          Instance Segmentation se ha sometido a importantes actualizaciones que aumentarán la calidad de su segmentación y el tiempo de obtención de resultados:

          • Reducción considerable de los tiempos del entrenamiento de modelos
          • Modelos multicanal de Instance Segmentation en ZEN Image Analysis
          • Coloración aleatoria de objetos para visualizar objetos densos
          • Descarga remota de modelos para sistemas con acceso restringido a Internet
          Compresión sin pérdidas

          Compresión sin pérdidas

          La compresión rápida y sin pérdidas con Zstd ya está disponible de serie para la adquisición de imágenes con ZEN.

          • Con unas tasas de compresión de entre 2X y 20X, se beneficiará de unas tasas rápidas de transferencia de archivos y de unos costes reducidos de almacenamiento de datos.
          • Para realizar una compresión sencilla por lotes de archivos de datos existentes, utilice nuestra herramienta independiente gratuita CZI Shrink
          Direct Processing

          Direct Processing

          Gracias a esta versión, Direct Processing ha incorporado las siguientes mejoras:

          • Reducción de la carga computacional de su sistema de adquisición ejecutando la eliminación de ruido de IA y la segregación lineal (para la captura de imágenes espectrales LSM) en una estación de trabajo remota.
          • Direct Processing ahora es compatible con la adquisición en modo mixto en sistemas LSM y Celldiscoverer 7.
          Kit de herramientas Connect

          Kit de herramientas Connect

          La captura de imágenes correlativas se beneficiará de las últimas incorporaciones del kit de herramientas ZEN Connect:

          • Dynamics Profiler ahora está integrado en el espacio de trabajo Connect.
          • Se pueden crear capturas de pantalla listas para su publicación a partir de datos 3D de varios volúmenes.
        • Selección automática del perfil ZEN

          Selección automática del perfil ZEN

          Simplifique el arranque de su ZEN
          El arranque de ZEN con el perfil adecuado aún más simplificado. Mientras que en el pasado el ZEN se configuraba a sí mismo en función de las licencias disponibles (parcialmente complejas), ahora accede directamente a los perfiles MTB ZEN disponibles.

          Mayor volumen de datos. Procesamiento más rápido.

          Manejo de volúmenes grandes de datos

          Mayor volumen de datos. Procesamiento más rápido.
          Con conjuntos de datos cada vez mayores, el manejo de grandes datos sigue siendo un tema clave para los usuarios de microscopios. La compresión sin pérdidas ZSTD puede configurarse ahora de forma predeterminada para las adquisiciones de imágenes, lo que permite aumentar la velocidad de transferencia de archivos y optimizar el almacenamiento de datos. Además, los algoritmos para las proyecciones de intensidad máxima, la unión de mosaicos y la generación de pirámides de imágenes se han acelerado considerablemente.

          Unión en Direct Processing

          Unión en Direct Processing

          Procesamiento previo de imágenes más rápido y automatizable
          Se ha añadido otro elemento a la popular herramienta de flujo de trabajo Direct Processing. Con ZEN 3.8 podrá incluir la unión (stitching) directamente en sus flujos de trabajo de adquisición automatizada, mientras se beneficia de las mejoras de rendimiento gracias a la optimización de algoritmos y al procesamiento en paralelo.

          Sección de tallo de Convallaria adquirida con ZEISS Axio Imager y segmentada con Instance Segmentation

          Instance Segmentation

          La revolución de la segmentación continúa...
          Instance Segmentation ya se encuentra disponible para anotación y entrenamiento en la plataforma en la nube arivis AI. Dentro de ZEN, el Image Analysis Wizard y el kit de herramientas Bio Apps están preparados para integrar esta nueva funcionalidad de IA en sus flujos de trabajo. Instance Segmentation resuelve el problema de separar con precisión objetos, aunque estén muy próximos entre sí, sin depender de algoritmos de segmentación limitados y propensos a los errores.

        • Obtenga flexibilidad para el usuario y un mejor uso de los recursos de la estación de trabajo

          Licencias flotantes

          Obtenga flexibilidad para el usuario y un mejor uso de los recursos de la estación de trabajo
          La introducción de licencias flotantes para ZEN y sus paquetes de kits de herramientas amplía los modelos de utilización en su institución. Anteriormente, los usuarios de ZEN estaban limitados a una estación de trabajo determinada, pero usted ya no tendrá esta limitación y podrá utilizar sus recursos de infraestructura de manera mucho más flexible.

          Métricas de Zstandard en comparación con otras alternativas de compresión

          Métricas de Zstandard en comparación con otras alternativas de compresión. 
          Fuente: https://engineering.fb.com/2018/12/19/core-data/zstandard/

          Compresión de imágenes mediante Zstandard

          Utilice todo el potencial de su sistema de captura de imágenes
          Las velocidades de adquisición de los sistemas avanzados de captura de imágenes pueden superar fácilmente las velocidades de almacenamiento de datos, lo que limita los experimentos con grandes volúmenes de datos. Ahora ZEN está equipado con una compresión rápida y sin pérdidas mediante Zstandard. Las relaciones de compresión hasta 20 veces mayores aceleran el almacenamiento de datos y optimizan la economía de los datos. Zstandard viene incorporado en ambos sistemas: el módulo Direct Processing (procesamiento directo) y ZEISS Lattice Lightsheet 7. También está disponible opcionalmente para cualquier dato en formato .czi.

           

          Paquete de adquisición inteligente

          Selección de clases para barridos detallados: células positivas en verde junto a zonas oscuras

          Paquete de adquisición inteligente

          Selección de clases para barridos detallados: células positivas en verde junto a zonas oscuras

          Selección de clases para barridos detallados: células positivas en verde junto a zonas oscuras

          Paquete de adquisición inteligente

          Mejoras para los flujos de trabajo con adquisición guiada
          El módulo de adquisición guiada (Guided Acquisition) se ha equipado con nuevas prestaciones para llevar a cabo incluso los flujos de trabajo más complejos con captura de imágenes inteligente (Smart Imaging). Para ello, ahora cuenta con una selección de clases totalmente desarrollada en el asistente Image Analysis Wizard y permite realizar ajustes precisos sobre la cantidad de adquisiciones detalladas que deben ejecutarse.

          Disponibilidad de inteligencia artificial (IA)

          Disponibilidad de inteligencia artificial (IA)

          La arquitectura de modelo abierto permite el intercambio de modelos
          Las herramientas de aprendizaje profundo se han generalizado en los softwares de análisis de imágenes, y el catálogo de softwares de ZEISS no es la excepción. Para fomentar un intercambio de modelos sencillo, ZEN y Vision4D son compatibles con la solución de aprendizaje profundo APEER y con modelos de otros proveedores. Aplique gratuitamente sus modelos favoritos en flujos de trabajo establecidos.

        Descargas

          • ZEN Microscopy Software

            Your Complete Solution from Sample to Knowledge

            5 MB
          • ZEN Data Storage and Data Explorer

            Smart data management in life sciences

            2 MB


          • ZEN 3D Toolkit

            Visualization and Analysis of 3D Volume Models

            1 MB


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