CZI
Formato de imagen para microscopios
Toda su información valiosa en un único archivo: seguro y reproducible
Toda su información valiosa en un único archivo
El formato de archivo CZI ha sido desarrollado por ZEISS para satisfacer específicamente los requisitos de la captura de imágenes en microscopía. La aplicación de captura de imágenes ZEN guarda imágenes multidimensionales tales como experimentos en cámara rápida, pilas Z, múltiples posiciones y portaobjetos virtuales en este formato. El formato CZI combina sus datos de captura de imágenes con toda la metainformación relevante en un solo archivo compacto
Cada vez más proyectos y empresas utilizan y admiten el formato CZI en sus aplicaciones:
- OME Bio-Formats/OMERO, Fiji e ImageJ, Python (a través de python-bioformats o czifle.py), CellProfiler
- Icy, KNIME, MATLAB, Visiopharm, Imaris, Da-Cons
- HS-Analysis, arivis Browser/arivis Vision4D, MicrBrightfeld, Indica Labs, Image Pro, Amira
- Definiens, microDimensions, Orbit, QuPath, digitallabware, TissueGnostics
Información del microscopio y la imagen
Además de la imagen, se almacenan los siguientes metadatos en el archivo:
- fecha de adquisición, palabras clave, comentarios del usuario
- tipo y ajustes de microscopio
- intensidades de iluminación o láser
- dimensiones y barras de escala
- contrastes y objetivos usados
- tinciones fluorescentes y filtros
- posiciones de la platina (x,y) y enfoque (z)
- parámetros de la cámara y el detector, como valores de exposición, agrupación, profundidad de bits, intervalos de tiempo de píxeles
- elementos gráficos y anotaciones automáticos o definidos por el usuario
- información del código de barras de la muestra
Esta información siempre está disponible, lo que implica que su captura de imágenes podrá reproducirse siempre en las mismas condiciones, incluso habiendo transcurrido años. Si necesita compartir estas imágenes con sus colegas, nuestro software gratuito ZEN lite les permitirá visualizar y procesar la captura de imágenes en formato CZI.
Si usted quisiera también procesar y analizar sus imágenes CZI utilizando otros programas de software, estaremos encantados de proporcionarle la documentación interna del formato de archivo CZI que le permitirá hacerlo.
Mac OS y Linux: software de código abierto para la investigación abierta
Las estaciones de trabajo para la captura de imágenes de microscopía y el software ZEN de ZEISS están diseñados para funcionar con plataformas de Microsoft Windows de 64 bits. Para asistirle con otros sistemas operativos como Mac OS X o Linux, ZEISS ofrece documentación para garantizar la interoperabilidad, y además establece colaboraciones con proyectos y empresas asociados.
Las imágenes generadas con el software ZEN y los sistemas de microscopía de ZEISS se almacenan en el formato de archivo completamente documentado CZI. Si desea visualizar y procesar información creada en este formato en plataformas ajenas a Windows, le recomendamos que visite las páginas de inicio de los proyectos de ImageJ y del paquete de software Fiji basado en ImageJ. Los archivos de instalación precompilados de estos programas de captura de imágenes de fuente abierta están disponibles para Mac OS X y una serie de distribuciones Linux, así como una gran variedad de aplicaciones de análisis y procesamiento. La importación de metadatos y de imágenes CZI es compatible a través de la aplicación Bio-Formats de Open Microscopy Environment.
Como lógicamente entenderá, ZEISS Microscopy no puede proporcionar ningún tipo de asistencia a los usuarios para estas aplicaciones. En su lugar, ZEISS apoya proyectos de software abierto y comunidades con acceso de nivel de desarrollador, documentación y SDK para productos de microscopía seleccionados. Si es usted un desarrollador interesado, puede registrarse gratuitamente para acceder a la documentación de CZI.