Découvrez un niveau inédit de détails et d'automatisation pour l'analyse du phénotype de cellules

Le comptage de noyaux est l'une des tâches d'analyse du phénotype des cellules les plus courantes dans la recherche biologique. Son automatisation est essentielle pour de nombreuses applications et pour des analyses en aval. Ce flux de tâches repose sur un modèle d'apprentissage profond entraîné au préalable qui segmente, sépare et compte automatiquement les noyaux à l'aide de n'importe quel marqueur nucléaire fluorescent comme le DAPI dans une ou plusieurs images issues d'un microscope. Il prend en charge les séries chronologiques d'images ainsi que les mesures multipuits. Il fournit ensuite une matrice qui montre le nombre de noyaux par image dans chaque puits à un moment donné (le cas échéant). Le modèle d'apprentissage profond correspondant est entraîné à l'aide d'ensembles de données provenant de plusieurs microscopes à la résolution et au grossissement varié.

Le criblage phénotypique est une approche agnostique cible pour la découverte de médicaments. Il surveille les changements du phénotype dans les cellules. Cette application permet d'effectuer une analyse quantitative à haut rendement de plaques multipuits en fournissant des résultats sur les différentes intensités subcellulaires et les mesures morphologiques dans des modèles cellulaires complexes. Dans cet exemple, un marqueur nucléaire est utilisé pour identifier toutes les cellules. Par ailleurs, des populations spécifiques de cellules sont identifiées sur la base des combinaisons de marqueurs nucléaires et cytoplasmiques. Les marqueurs cytoplasmiques sont également utilisés pour caractériser la forme et la taille de toutes les cellules individuelles qui expriment ce marqueur.