Automatisez vos flux de tâches pour les neurosciences et le traçage des neurones

La microscopie et l'apprentissage profond sont des outils précieux dans la recherche sur la maladie de Parkinson. Ils permettent aux scientifiques d'étudier les circuits neuronaux et de comprendre les mécanismes cellulaires qui régulent la formation et la composition des synapses.

Dans cette application de traçage des neurones, un modèle de segmentation sémantique reposant sur l'apprentissage profond a été entraîné à l'aide de ZEISS arivis Cloud. L'objectif consistait à séparer les épines dendritiques et les projections neuronales à l'aide d'une pile d'image en z en 3D capturée avec un microscope ZEISS Celldiscoverer 7. Un processus itératif reposant sur l'entraînement d'un modèle utilisant des données a été employé pour perfectionner le modèle avant de l'intégrer dans un pipeline d'analyse d'images qui puise dans la boîte à outils 3D de ZEN.

Effectuée à l'aide du modèle entraîné, la segmentation réussie des épines dendritiques montre l'efficacité de l'apprentissage profond dans l'analyse d'images complexe et son potentiel dans la recherche future sur les pathologies neurologiques.

Le module Automatic Neuron Tracing de ZEISS arivis Pro permet d'analyser les réseaux structurels les plus complexes dans des ensembles d'images multicanales en 2D ou 3D de pratiquement n'importe quelle taille. L'algorithme repose sur l'intégration de deux méthodes modernes publiées pour le traçage des neurones et il a été testé avec des centaines de gigaoctets de données. Les algorithmes de pointe garantissent une approche ergonomique en offrant une flexibilité et une interactivité totales à toutes les étapes.

La nouvelle architecture logicielle fournit des performances exceptionnelles dans les applications de traçage pour différentes modalités d'imagerie. Combiné avec notre meilleur apprentissage de modèle d'IA de sa catégorie dans ZEISS arivis Cloud, le traçage automatique et l'édition de tracés d'ensembles de données multidimensionnelles deviennent un jeu d'enfant, même pour les novices en bio-informatique. Le nouvel outil d'édition semi-automatique crée le tracé ou la branche d'un neurone de manière interactive. Il utilise la détection automatique du tracé pour dessiner dans l'outil de visualisation. Vous pouvez utiliser la VR immersive pour explorer vos échantillons et retoucher vos résultats.