Illustration du pack de Developer Toolkit
 BOÎTES À OUTILS DU LOGICIEL ZEN

Developer Toolkit

Intégration et personnalisation de logiciels en sciences de la vie

Les expériences d'imagerie modernes requièrent souvent la connexion d'appareils auxiliaires. Il se peut donc que votre flux de tâches nécessite des fonctionnalités avancées disponibles dans FIJI et Python, mais pas dans ZEN. Repoussant les limites de l'automatisation expérimentale, ZEN Developer Toolkit permet désormais d'intégrer en souplesse des outils externes dans ZEN, et vice versa.

  • De multiples interfaces variées
  • Interface de codage avec IDE intégré
  • Commande des instruments depuis le logiciel externe
Illustration des diverses manières d'accéder à ZEN
Illustration des diverses manières d'accéder à ZEN

De multiples interfaces variées

De nombreuses façons d'interagir avec votre instrument

Il existe diverses manières d'accéder à ZEN ainsi qu'au contrôle des instruments, depuis des outils externes. Open Application Development (OAD) permet de personnaliser le flux de tâches, d'automatiser et d'exécuter des analyses externes (par exemple, dans FIJI ou Python). Les interfaces TCP/IP permettent de contrôler les instruments à distance à partir d'applications externes. Les extensions ZEN permettent de développer des applications avancées.

Interface de codage avec IDE intégré
Interface de codage avec IDE intégré

Interface de codage avec IDE intégré

Personnalisation intégrale du flux de tâches à l'aide de l'outil de codage ZEN

L'integrated development environment (IDE) de ZEN pour le codage IronPython est au cœur de Developer Toolkit. Il permet d'importer des packs IronPython et des bibliothèques .NET. Léger, l'IDE permet d'enregistrer des flux de tâches manuels dans ZEN, d'éditer du code avec la complétion de code Intellisense et de déboguer. Presque toutes les fonctions de contrôle ou d'analyse de ZEN peuvent être utilisées, et un logiciel d'analyse externe peut être exécuté à partir des scripts.

Commande des instruments depuis le logiciel externe

Personnalisation intégrale du flux de tâches à l'aide de la commande à distance ZEN

Vous souhaitez intégrer l'imagerie à vos flux de tâches personnalisés ? Vous pouvez facilement contrôler ZEN à distance à l'aide d'un logiciel externe. ZEN a intégré les interfaces conviviales TCP-IP et COM, permettant de recevoir des commandes externes ZEN PythonScript. Cette méthode vous permet d'envoyer en toute simplicité des commandes individuelles ou même des macros OAD complètes en un minimum d'effort.

ZEN Macro IDE - Caractéristiques et modèles

    • Complétion de code

      Complétion de code

    • La complétion de code de l'éditeur de macros accélère le codage des scripts en suggérant des variables et des méthodes d'objets, minimisant ainsi les fautes de frappe.
      Complétion de code
    • Les macros automatisent et personnalisent les flux de tâches d'imagerie en permettant l'accès et le contrôle des paramètres matériels des systèmes d'imagerie.
      Pilotage du matériel
    • Automatisez et personnalisez les flux de traitement d'images à l'aide de macros. Accédez à presque toutes les fonctions, dont l'analyse d'images, BioApps, Intellesis et bien plus encore dans ZEN.
      Traitement et analyse d'images
    • Créez des scripts d'entrée utilisateur interactifs avec l'API de ZEN. Définissez et accédez aux paramètres expérimentaux par le biais de champs de texte, de menus déroulants et d'éléments de l'interface utilisateur.
      Création aisée de l'interface graphique
    • Fonctionnalités IronPython

      Fonctionnalités IronPython

    • Lancer les applications externes

      Lancer les applications externes

    • Importer des tracés sur ZEN

      Importer des tracés sur ZEN

    • Intégrer des macros

      Intégrer des macros

    • Basé sur IronPython pour les scripts .NET, l'éditeur de macros de ZEN est compatible avec CPython 2.7 et les assemblages .NET, ce qui permet de créer des macros complexes.
      Fonctionnalités IronPython
    • Quelques lignes de code seulement suffisent pour intégrer le traitement d'images depuis un logiciel externe avec l'éditeur de macros de ZEN.
      Lancer les applications externes
    • Complétez les flux de tâches de personnalisation en réimportant des tracés ou des graphiques externes. ZEN lit les formats de données types tels que PNG ou JPEG.
      Importer des tracés sur ZEN
    • Connectez votre nouvelle macro à l'interface utilisateur ZEN et utilisez-la régulièrement. Elle s'affiche sous forme de bouton cliquable dans le panneau situé au-dessus de la visionneuse d'images.
      Intégrer des macros

Ressources de scripts

Didacticiels, modèles, environnements de programmation et forums pour utilisateurs

Page OAD GitHub – Scripts pour les applications ZEN

Didacticiels, modèles, environnements de programmation et forums pour utilisateurs

La page GitHub de l'OAD fournit des scripts permettant d'automatiser les applications ZEN telles que BioApps, Experiment Feedback, Guided Acquisition, l'apprentissage automatique Intellesis, ZEN Connect, etc.

Page OAD GitHub – Modèles pour interfaces logicielles

La page GitHub présente des scripts pour l'intégration de tiers (FIJI, Python, Napari, Matlab, Jupyter Notebook) couvrant l'importation/l'exportation d'images, les interfaces COM/TCP-IP et la lecture du format d'image CZI.

Page OAD GitHub – Espace de travail Google Colab

Les scripts Jupyter Notebook de GitHub sont accessibles dans Google Colabs, permettant ainsi un apprentissage interactif grâce à des scripts bien documentés. Ils sont exécutés sur le cloud de Google avec le support du GPU, ce qui est idéal pour l'apprentissage automatique.

Communauté ZEISS Microscopy Developer

Communauté ZEISS Microscopy Developer

Afin d'encourager les discussions et l'assistance sur les scripts OAD, ZEISS Microscopy héberge un forum sur lequel les utilisateurs s'impliquent, posent des questions et reçoivent un retour rapide de la part de leurs pairs et des experts ZEISS.

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