Le système de microscopie verticale est composé d’un microscope inversé posé sur sa base arrière positionnant alors la platine de façon verticale. Le microscope a été modifié afin de recevoir une tête confocale LSM 980 Airyscan 2 tournée de 90° afin de garder la tête confocale dans la meme direction horizontale que sur le microscope d’origine. Cette géométrie permettant de ne pas sur-solliciter l’ensemble des motorisations. Les auteurs s’attachent également à décrire les méthodes de préparations des échantillons en fonction des besoins et des méthodes d’imagerie utilisées.
La nécessité d'étudier les racines dans leur orientation naturelle de croissance est de plus en plus reconnue comme un paramètre expérimental clé pour étudier la physiologie, le développement et l'interaction des racines avec leur environnement. L'utilisation de microscopes à platine verticale se développe rapidement et devient dès lors un outil essentiel pour les biologistes travaillant sur les racines.