ZEISS Lightsheet 7

マウス腎臓をiDISCOプロトコルで透明化し、ZEISS Lightsheet 7 検出光学系 5x / 0.16 focおよびClr 20x / 1.0 nd = 1.53（挿入図）を使用してケイ皮酸エチルでイメージングしました。赤：マウスにDyLight 594結合トマトレクチンを灌流し、血管系と糸球体を視覚化。緑：組織の解剖学的構造を視覚化する自家蛍光。3D臓器全体のイメージングとコンピューター画像解析により糸球体のサイズと数を調べることで、様々な腎臓病のメカニズム（糖尿病性腎症など）をより適正に把握できます。画像はACQUIFER HIVEデータプラットフォーム上のarivis Vision4D^®で処理しました。

機械感覚神経線維の解剖学的組織を示すP10マウス気管の3Dデータセット。染色：DAPI、コラーゲンIV（Alexa 488抗体）、感覚線維（tdTomatoを発現するレポーター株、Alexa 555抗体）、神経フィラメントタンパク質NF200（有髄神経線維、Alexa 647抗体）。

試料はPEGASOS（Jing et al, 2018, Cell Research）で透明化され、BB-PEGで、RI 1.54、5x / 0.16のfoc検出光学系、Clr 20x / 1.0 nd = 1.53でイメージングされました。5倍率データセット：ピクセルスケーリング 0.61 x 0.61 x 1.63 µm、3 x 3タイル、ズーム1.5倍、1230 zセクション、画像の大きさ 2.57 x 2.58 x 2 mm、20倍率データセット：ピクセルスケーリング 0.23 x 0.23 x 0.58 µm、1 x 5タイル、ズーム1.0倍、4206 zセクション、体積 2.0 x 0.45 x 1.82 mm。

サンショウウオは、手足と脊髄を再生する驚くべき能力を持っています。分子遺伝学ツールを使用すると、この複雑な再生の原因となる幹細胞と、増殖を開始する損傷応答シグナルを特定できます。 このメキシコサンショウウオ前腕は、ケイ皮酸エチル（Masselink, W. et al, Development 146, (2019)）で透明化され、1.57の屈折率で5x / 0.16 focの検出光学系でイメージングされました。マルチタイルデータセットは、ACQUIFER HIVEデータプラットフォーム上のZENイメージングソフトウェアとarivis Vision4D®ソフトウェアで調整、融合、レンダリングされました。

ニューロンは非常に複雑な形態をしており、臓器全体へ広がっているため、ヒトの脳内の細胞全てをイメージングするのはほぼ不可能です。オルガノイドは、神経幹細胞培養からのニューロンの産生を含め、ヒトの脳の再現をある程度まで可能にします。ECiで透明化すると、ニューロンの形態をローカルレベルからグローバルレベルまで調査できます。これにより3Dでのニューロンの形態研究の可能性が飛躍的に広がります。

GFP / tdtomato（3% GFPおよび3% tdtomato）でまばらに標識された35日齢のニューロンオルガノイド。Clr 20x / 1.0 nd = 1.53対物レンズでイメージング。
ピクセルスケーリング：222 x 222 x 567 nm。
画像ボリューム：1.66 x 0.66 x 1.6 mm。

無傷のリンパ器官を3Dでイメージングすることにより、ウイルス感染に対する免疫応答を解析および定量化できます。採取前に、T細胞を野生型宿主マウスに移植しました。5x / 0.16検出光学系（ボリューム：2.5 x 2.5 x 1.6 mm）を用いて、RI = 1.49（ph 7）でイメージングする前に、洗浄、固定、Ce3Dによる透明化処理した結節（Li et al. PNAS 163, 2017）。この画像は、GFP標識されたネイティブCD8+T細胞（黄色）、B細胞卵胞がB220（シアン）とCD31血管網（マゼンタ）を示しています。

C57 BL6JマウスにPBSと4% PFAを灌流。CellTracker™ CM-DiI色素（血管膜を標識する脂質色素）を灌流して、脳を染色。最終RIMSとしてケイ皮酸エチルで平衡化したiDISCO+プロトコルを使用して、試料を透明化。次に、Translucence Bisystems社のメゾスケールイメージングチャンバー内で検出光学系Fluar 2.5x / 0.12を用いて、RI = 1.565のケイ皮酸エチルでイメージング。

右側の高解像度の挿入画像は、Clr Plan-Neofluar 20x / 1.0 Corr nd = 1.53で取得。ピクセル解像度1.83 x 1.83 x 6.77 µmでの画像ボリュームは、13.1 x 13.1 x 6 mm。4 x 4タイル、866のzセクションで約40分で取得。データボリュームは93 GB。 データは、ZENイメージングソフトウェアとACQUIFER HIVEデータプラットフォーム上のarivis Vision4D^® で処理。

PV-tdtomatoマウスの脳は、CLARITYプロトコルを使用して透明化され、最終イメージングは屈折率RI = 1.46でのEasyIndexで行われました。

tdtomatoの発現するパルブアルブミン-Creは、脳全体の介在ニューロンの集団および小脳のプルキンエ細胞で発現します。脳全体のデータセットは、検出光学系5x / 0.16 focのZEISS Lightsheet 7で取得しました。ピクセル解像度0.91 x 0.91 x 5.35 µm（12028 x 22149 x 1621ボクセル）での画像の大きさは11 x 20 x 8.8 mmです。6 x 10タイル、1621のzセクションで取得しました。データボリュームは1.2 TB（スティッチング後は805 GB）です。データは、ACQUIFER HIVEデータプラットフォーム上のZENイメージングソフトウェアとarivis Vision4D^®で処理されました。