蔡司Lightsheet 7

使用iDISCO方法对小鼠肾脏进行透明化处理，并用蔡司Lightsheet 7成像物镜5× / 0.16 foc和Clr 20× / 1.0 nd = 1.53（浸入）在肉桂酸乙酯中进行成像。小鼠用DyLight 594耦合的西红柿血凝素进行灌注，以观察血管和肾小球（红色）。绿色：显示组织解剖结构的自发荧光。三维全器官成像和肾小球体积和数量的图像计算分析有助于更好地了解各种肾脏疾病的机制，如糖尿病性肾病。该图像在ACQUIFER HIVE上使用arivis Vision4D^®进行处理。

P10小鼠气管的三维数据集显示了力敏感神经纤维的解剖结构。染色：DAPI、IV型胶原蛋白（Alexa 488抗体）、感官纤维（表达tdTomato的报告株、Alexa 555抗体）、神经纤丝蛋白NF200（有髓鞘的神经纤维、Alexa 647抗体）。

用PEGASOS对样品进行透明化处理（Jing et al:, 2018, Cell Research），在折射率为1.54的BB-PEG中，分别用5× / 0.16 foc成像物镜和Clr 20× / 1.0 nd = 1.53进行成像。5×放大倍率数据集：像素尺寸0.61 × 0.61 × 1.63 µm，3×3拼接，放大1.5×，1230个z截面，体积2.57 × 2.58 × 2 mm，20×放大倍率数据集：像素尺寸0.23 × 0.23 × 0.58 µm，1×5拼接，放大1.0×，4206个z截面，体积2.0 × 0.45 × 1.82 mm。

蝾螈目动物具有特殊的四肢和脊髓再生能力。分子遗传学工具能够识别负责完成此类复杂再生的干细胞，以及发起细胞增殖的损伤应激信号。 此蝾螈前臂已在肉桂酸乙酯中进行透明化处理（Masselink, W. et al. Development 146, (2019)），并使用5× / 0.16 foc成像物镜以1.57的折射率进行成像。在ACQUIFER HIVE数据平台上使用ZEN成像软件和arivis Vision4D®软件对多层数据集进行校准、融合和渲染。

由于神经元的形态非常复杂且遍布整个器官，对人脑中的所有细胞进行成像几乎是一项不可能完成的任务。类器官可以在一定程度上重现人脑，包括从神经元干细胞培养基中制造神经元。借助ECi进行透明化处理，可以从局部到整体地研究神经元形态学，这为研究三维人类神经元形态的开创了极具吸引力的可能性。

使用Clr 20× / 1.0 nd = 1.53物镜对以GFP/tdtomato（3% GFP和3% tdtomato）稀疏标记的35日龄神经元类器官进行成像。
像素尺寸：222 × 222 × 567 nm。
成像体积：1.66 × 0.66 × 1.6 mm。

以三维方式对完整的淋巴器官进行成像能够分析和量化淋巴对病毒感染的免疫反应。在采集前，将T细胞转移至野生型宿主小鼠体内。清洁、固定结节并使用Ce3D（Li et al. PNAS 163, 2017）对其进行透明化处理，然后使用5× / 0.16成像物镜在RI = 1.49（ph 7）的情况下进行成像（体积2.5 × 2.5 × 1.6 mm）。图像显示GFP标记的初始CD8+ T细胞（黄色），B细胞滤泡用B220（青色）染色，血管网络用CD31（品红色）染色。

使用PBS和4%的PFA对C57 BL6J小鼠进行灌注。灌注CellTracker™ CM-DiI染料对大脑进行染色，这是一种脂类染料，用于标记血管膜。使用iDISCO+方法对样品进行透明化处理，在肉桂酸乙酯中进行平衡，作为最终的折射率匹配溶液。然后，在Translucence介观尺度成像室中使用成像物镜Fluar 2.5× / 0.12在RI = 1.565的肉桂酸乙酯中进行成像。

右侧插入的高分辨率图像用Clr Plan-Neofluar 20x / 1.0 Corr nd = 1.53采集。图像体积为13.1 × 13.1 × 6 mm，像素分辨率为1.83 × 1.83 × 6.77 µm。4×4拼接、866个z截面，数据采集时间约40分钟。数据量为93 GB。 在ACQUIFER HIVE数据平台上使用ZEN成像软件和arivis Vision4D^® 处理数据。

使用CLARITY方法对PV-tdtomato鼠脑进行透明化理，最终成像在折射率为RI = 1.46的EasyIndex中完成。

tdtomato-小清蛋白受Parvalbumin-Cre控制，表达在大脑的中间神经元以及小脑的浦肯野细胞中。使用成像物镜5× / 0.16 foc在蔡司Lightsheet 7上采集全脑数据集。图像体积为11 × 20 × 8.8 mm，像素分辨率为0.91 × 0.91 × 5.35 µm（12028 × 22149 × 1621体素）。共采集了6×10拼图、1621个z截面。数据量为1.2 TB（拼接后为805 GB）。在ACQUIFER HIVE数据平台上使用ZEN成像软件和arivis Vision4D^®处理数据。