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CZI

显微镜的图像格式

一个文件包含您所有有价值的数据——安全且可重现

多维图像
多模态和多尺度
快速高效的压缩选项（Zstandard和JpegXR）
开源友好，提供API文档
完全集成至BioFormats

用于开放式研究的开放源软件

蔡司的ZEN软件和显微成像工作站需要在64位微软Windows操作系统下运行。为支持Mac OS X或Linux等其他操作系统，蔡司提供了协同工作所需的文档并与合作伙伴项目和企业建立了合作关系。

使用ZEN软件和蔡司显微镜系统创建的图像能够以全文档化的文件格式CZI进行保存。如果您希望在非Windows操作系统下浏览和处理这种文件格式的数据，我们建议您访问ImageJ和基于ImageJ的Fiji软件包主页。这类开源成像程序的预编译安装文件适用于Mac OS X和多个基于Linux的系统，以及大量用于图像分析和处理的插件。开放显微成像软件（Open Microscopy Environment）的Bio-Formats插件支持CZI图像和元数据的导入。

蔡司显微镜事业部无法为这类应用的用户提供具体帮助，对此我们请求您的理解。但蔡司会为开源软件项目和论坛提供指定显微镜产品的开发人员访问端口、文档和SDK。

libCZI——用于读写CZI图像文档的开源跨平台C++库
pylibCZIrw——简单易用的libCZI Python封装程序，用于读写CZI图像文件
ZeissImgLib——在.NET应用程序中读写CZI图像文档的高级.NET库

用于CZI图像数据的其他工具

CZICompress
开源和跨平台命令行界面（CLI）工具，通过将现有CZI文件转换为ZSTD压缩CZI文件来减小其大小。

CZIShrink
用于CziCompress的开源和跨平台图形用户界面。

CZICheck
开源和跨平台命令行界面CLI应用程序，用于评估CZI文档的完整性和结构正确性。

一个文件包含您所有有价值的数据

CZI文件格式由蔡司专为满足显微镜成像需求而开发。ZEN成像软件以该格式保存多维图像（例如时间序列、Z轴序列图像、多点位实验和虚拟玻片）。CZI会将成像数据与所有相关元数据信息合并成一个压缩文件。

越来越多的项目和企业已经在他们的应用中使用并支持CZI格式：

OME Bio-Formats / OMERO、Fiji & ImageJ、Python、CellProfiler、QuPath、Icy、Orbit……
arivis Pro、arivis AI和Cloud、arivis Hub
KNIME、MATLAB、Visiopharm、Imaris、Da-Cons、Halo
HS-Analysis、MicrBrightfeld、Indica Labs、Image Pro、Amira
Definiens、microDimensions、digitallabware、TissueGnostics

显微镜和图像数据

除图像外，此文件格式还能保存（包括但不限于）以下元数据：

图像采集日期、关键字、用户备注
显微镜类型和设置
激光或照明强度
尺寸和比例尺
所用衬度和物镜
荧光染料和滤光片
载物台（x、y）和对焦（z）位置
相机和探测器参数（例如曝光值、像素合并、位深、像素驻留时间）
自动或用户定义的图形元素和注释
样品条码信息

这类信息将始终可用，这意味着即便是数年后，您仍然可以在相同条件下重复您的成像。如果您需要与同事们共享这些图像，可以使用我们的免费版ZEN lite软件查看并处理CZI格式图像。

如果您还希望使用其他软件处理和分析CZI图像，我们非常乐意为您提供内部CZI文件格式的资料文档，帮助您完成工作。

如果您计划将我们的格式或应用程序接口用于商业应用，请联系我们。

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